San Miguel el Grande a été fondée en 1542 par les Indiens Purépecha et Guamar en tant que mission. Sa prospérité est arrivée quelques années seulement après qu'elle soit devenue un point clé sur les routes entre les villes minières et la capitale de la Nouvelle-Espagne. La plupart de ses principaux bâtiments ont été construits au XVIIIe siècle, période de sa plus grande prospérité. C'est à cette même époque (1740-1776) que fut également érigé l'incroyable sanctuaire d'Atotonilco ; ce qui explique l'intense atmosphère baroque des deux complexes.